ในปีพุทธศักราช 2435 ได้เกิดวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 หรือเกิดความขัดแย้งระหว่างสาธารณรัฐฝรั่งเศสและราชอาณาจักรไทย ซึ่งมีกองทหารบุกขึ้นเกาะสีชังและปิดอ่าวไทยจึงได้ยุติการสร้างพระที่นั่งและตำหนักต่าง ๆ ลง โปรดเกล้าฯ ให้รื้อถอนสิ่งก่อสร้างไปสร้างในที่อื่น นับแต่นั้นเป็นต้นมาพระจุฑาธุชราชฐานจึงถูกยกเลิกการเป็นพระราชวังบนเกาะ ต่อมาในปีพุทธศักราช 2521 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้รับมอบสิทธิการใช้ที่ดินจากกรมธนารักษ์ จัดตั้งเป็นสถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและเป็นศูนย์ฝึกนิสิต รวมถึงได้เข้ามาดูแลโบราณสถานและโบราณวัตถุในเขตที่ดินประมาณ 5 ไร่ ซึ่งปัจจุบันสถานีวิจัยอยู่ในความรับผิดชอบของสถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำและพระราชฐานพื้นที่ประมาณ 219 ไร่ อยู่ในความดูแลของสำนักบริหารงานศิลปวัฒนธรรม พื้นที่ในส่วนนี้ได้มีการดำเนินการปรับปรุงร่วมกับกรมศิลปากรเมื่อปีพุทธศักราช 2533 ได้มีการซ่อมแซมอาคารต่าง ๆ ที่ยังคงเหลืออยู่ จำนวน 5 หลัง ประกอบด้วย เรือนไม้ริมทะเล ตึกผ่องศรี ตึกอภิรมย์ ตึกวัฒนา  และพระอุโบสถ 

ปัจจุบันการเดินทางเข้าสู่เขตพระจุฑาธุชราชฐานด้านซ้ายมือจะเป็นสถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเล ด้านขวามือจะเป็นพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำชลทัศนสถาน เมื่อเข้ามาข้างในด้านขวามือจะเป็นศาลศรีชโลธรเทพและต้นหัตถวิจารณ์ ด้านซ้ายมือเป็นแนวชายหาดหินสลับกับหาดทรายเลียบทะเลมองเห็นสะพานอัษฎางค์ ทางเข้าพระจุฑาธุชราชฐานจะเห็นต้นมะขามและต้นลีลาวดีล้อมรอบบริเวณ หากเดินตามแนวชายหาดไปถึงแหลมวังจะเป็นที่ตั้งของอัษฎางค์ประภาคาร เมื่อเดินอ้อมแหลมแล้ววกกลับขึ้นมาพบกับชายหาดอีกด้านหนึ่งซึ่งเป็นบริเวณที่ตั้งของพระที่นั่งมันธาตุรัตนโรจน์ ปัจจุบันเหลือเพียงส่วนของฐานเท่านั้น ถัดขึ้นมาเป็นเรือนไม้ริมทะเล มักเรียกกันว่า เรือนเขียว ตามสีของอาคาร ถัดจากเรือนเขียวเป็นเรือนวัฒนา เชิงเขาทางด้านล่างหลังเรือนวัฒนาจะมีศาลาซึ่งเป็นที่ประดิษฐานพระบรมรูปพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และเมื่อออกจากเรือนวัฒนาเลียบไปตามถนนริมทะเลขึ้นไปตามไหล่เขาจะเห็นเรือนผ่องศรี ส่วนเรือนยาวชั้นเดียวใกล้ ๆ กันนั้น คือ เรือนอภิรมย์หากเดินตามทางขึ้นเนินเขาไปด้านหลังเรือนผ่องศรีจะเป็นวัดอัษฎางคนิมิตร ส่วนด้านทิศตะวันตกเฉียงเหนือของวัดจะเจอกับเจดีย์เก่าแก่อายุหลายร้อยปี เรียกว่า เจดีย์เหลี่ยม อยู่บนเนินหิน อีกทางด้านทิศตะวันตกเฉียงใต้ของวัดจะมีทางเดินไปยังศูนย์บริการข้อมูลนักท่องเที่ยว ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดเขตพระราชฐานและระหว่างทางด้านขวามือมีจุดชมวิวเนินเขาน้อยเป็นจุดที่สามารถชมทิวทัศน์ในระยะไกลของเกาะสีชัง